AO ABRIR UM CNPJ, PERCO MEUS DIREITOS TRABALHISTAS?

Não necessariamente você perderá seus direitos trabalhistas. Explico:
Se você for ou é empregado de outra empresa enquanto tem um CNPJ, perderá apenas o direito de receber Seguro Desemprego em caso de rescisão sem justa causa.
Mas se não tiver carteira assinada em outra empresa, somente o fato de ser empresário, não lhe dará benefício trabalhista algum.
Você será considerado como “desempregado” do ponto de vista do FGTS, INSS, PIS e Seguro Desemprego.

Existem também várias outras situações que permitem a formalização como MEI, com ressalvas:
1 – Pessoa que recebe o Seguro Desemprego: pode ser formalizada, mas poderá ter a suspensão do benefício. Em caso de suspensão deverá recorrer nos postos de atendimento do Ministério do Trabalho.
2 – Pessoa que trabalha registrada no regime CLT: Conforme já exposto acima, pode ser formalizada, mas, em caso de demissão sem justa causa, não terá direito ao Seguro Desemprego.
3 – Pessoa que recebe Auxílio Doença: pode ser formalizada, mas perde o benefício a partir do mês da formalização.
4 – Pessoa que recebe aposentadoria por invalidez e o pensionista inválido;
5 – Benefício de Prestação Continuada da Assistência Social (BPC-LOAS):
O beneficiário do BPC-LOAS que se formalizar como Microempreendedor Individual-MEI não perderá o benefício de imediato, mas poderá acontecer avaliação do Serviço Social que, ao identificar o aumento da renda familiar, comprove que não há necessidade de prorrogar o benefício ao portador de necessidades.
6 – Pessoas que recebem Bolsa Família: o registro no MEI não causa o cancelamento do programa Bolsa Família, a não ser que haja aumento na renda familiar acima do limite do programa. Mesmo assim, o cancelamento do benefício não é imediato, só será efetuado no ano de atualização cadastral."